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预览版 · 本地计算 · 数据不上传

/3d/

三维结构 内测中

看一个分子的立体形状,拖动旋转,截图放进汇报。

示例库分子

三维坐标是离线预先计算的(RDKit ETKDGv3 + MMFF94,重原子)。浏览器里输入的任意分子不生成三维构象,不以二维坐标冒充三维。

本页能力与状态

能力状态接入条件/说明
示例库分子三维(离线预算构象)内测中已开放,经自动化测试验证
打开本地 PDB/mmCIF 文件(与靶点页同一 3Dmol.js 查看器,请在靶点页上传)内测中离线可用,不联网;入口在靶点页「上传本地结构」。
打开本地 SDF/MOL 文件(V2000,三维坐标)内测中只在浏览器里解析、不上传;二维坐标文件如实提示不显示;V3000 暂不支持。
PubChem 三维构象开发中需联网开关接入 PubChem 3D 接口。
任意输入分子的在线构象生成规划中当前 RDKit.js minimal 版不含三维嵌入(已实测);需自编译带 DistGeom 的版本或服务端 ETKDG。
分子对接规划中需受体准备与口袋定义流程、AutoDock Vina 或 gnina 服务端算力与任务队列;结果附打分函数局限说明,不写成结合亲和力实测。